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CFX Manager软件基因表达分析快速指南
发表日期:2012-06-29
 通过严谨的质量控制,您可以使用 Gene Expression Module of CFX Manager软件来评估样品之间靶标浓度的相对差异。这种应用最常用的使用是评估 cDNA样品中靶标的浓度来推断其 mRNA水平。通常,一个或多个参照基因的含量被用来衡量目标基因的水平。参照基因用来校正上样的差异或各样品取样的差异。通过生物学条件的研究,参照基因的表达水平通常不发生变化。

基因表达分析设置

图 1显示各样品孔含单一的荧光,四个复制类群,包含两个不同靶标名称和两个不同的样品名称。指定参照基因

1.点击反应板编辑器中 Experiment Settings或 Gene Expression Module,打开实验设置窗口,图 2。

 

2.选择 Targets

3.点击合适的检查窗选择将被使用为参照基因的靶标。

4.点击 Show Analysis Settings检查窗,为靶标设置反应扩增效率。

5.Auto Efficiency检查窗被默认设定。如果实验中运行一个标准曲线,从标准曲线中计算得到的扩增效率将在计算中被使用。或者对合适的靶标输入指定反应扩增效率值,则计算中将使用这一扩增效率值。

指定对照样本

1.在 Experiment Settings窗口,选择 Samples标签。

2.点击合适的检查窗,选择在计算中将被作为对照的样本,图 3。对每个基因来说,对照样本的值被指定为 1,同时所有其他样本相对于对照样本的值会被显示出来.

 

基因表达分析

选择分析模式

1.从 Mode下拉菜单中选择分析模式,图 4:

a. Normalized Expression ⊿⊿C(t)-靶标基因的相对量可通过样本的参照基因来进行相对量的衡量。

b.相对量⊿C(t)-靶标基因的相对量不能被衡量;结果显示的是实验中靶标基因相对于其他样品的基因浓度。

 

图形选项

Graph Data下拉菜单中选择对照相关或零相关的图形数据。在表中,Graph Data选项默认是对照相关。

2 X轴下拉菜单中选择 X轴以 Sample显示或 Target显示。

3 Y轴下拉菜单中选择 Linear,Log2或 Log10作为 Y轴刻度。

Scaling Option下拉菜单中选择 Highest,Lowest或 Unscaled。

Error Type下拉菜单中选择 Standard Error of the Mean或 Standard Deviation。

6 鼠标右键点击图形菜单选择 Sort选项来指定 X轴的显示顺序。

7 鼠标右键点击图形,复制和粘贴图形或保存图形。电子表格选项

8 基因表达分析结果会在电子表格中显示出来,图 5。

 

9 选择任一列的标题,通过列值对数据进行分类。

10  鼠标右键点击电子表格,结果输出为 Microsoft Excel电子表格或其他文件格式。

 

 

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